Kantor Kementerian Agama Kabupaten Tana Tidung mempunyai tugas melaksanakan tugas dan fungsi Kementerian Agama di daerah Kabupaten Tana Tidung berdasarkan kebijakan Menteri Agama dan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas tersebut Kantor Kementerian Agama Menyelenggarakan fungsi :

1. Perumusan dan Penetapan Visi, Misi, dan kebijakan teknis di bidang pelayanan dan bimbingan kehidupan beragama kepada masyarakat di Kabupaten;
2. Pelayanan, bimbingan, dan pembinaan di bidang Haji dan Umrah;
3. Pelayanan, bimbingan, dan pembinaan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama dan keagamaan;
4. Pembinaan Kerukunan Umat Beragama;
5. Perumusan kebijakan teknis di bidang pengelolaan Administrasi dan Informasi;
6. Pengkoordinasian perencanaan, pengendalian, pengawasan, dan evaluasi program; dan
7. Pelaksanaan hubungan dengan pemerintah daerah, instansi terkait dan lembaga masyarakat dalam rangka pelaksanaan tugas Kementerian di Kab. Tana Tidung.