Satuan Kerja Pendidikan Islam saat ini dipimpin oleh H. Safaruddin, S.Pd.I. Seksi Pendidikan Islam sebagaimana dimaksud dalam PMA Nomor 19 Tahun 2019 Pasal 828 huruf b bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, madrasah tsanawiyah, pendidikan agama Islam, pendidikan diniyah, dan pondok pesantren.